Genetická variabilita viru klíš?ové encefalitidy

Virus klíš?ové encefalitidy je významným lidským patogenem. V České republice způsobuje každoročně 300 až 500 klinicky manifestních onemocnění. Některé kmeny viru klíš?ové encefalitidy se však výrazně liší svými biologickými vlastnostmi – řada kmenů se vyznačuje oslabeným (atenuovaným) fenotypem, infekce jinými naopak vede k vážnému onemocnění nebo dokonce k hemoragickému syndromu. Základem této magisterské práce je charakterizace biologických vlastností kmenů nebo variant viru klíš?ové encefalitidy s odlišnou patogenitou (termosenzitivita, patogenita pro laboratorní myš, velikost a morfologie plaků, stabilita fenotypu při pasážování přes mozky sajících myšek). U jednotlivých kmenů/variant bude následně provedena sekvenční analýza vybraných částí virového genomu. Vzhledem k tomu, že rozdíly patogenního potenciálu viru jsou zřejmě důsledkem genetických odlišností různého rozsahu a lokalizace, mělo by porovnání sekvenčních údajů přispět k poznání faktorů termosenzitivity a molekulárních základů virulence. ( Daniel Růžek )

Indukce exprese genu manosu-vázajícího lektinu u Ixodes ricinus spirochétami lymské boreliózy

Zadání magisterské práce Terezy Matějovské vychází z problematiky řešené v Laboratoři molekulární ekologie parazitů PARÚ AVČR se zaměřením na diferenciální genovou expresi u klíštěte Ixodes ricinus indukovanou různými patogeny. Schopnost organismu rozpoznat infekční agens je podstatou \"innate immunity\" (self/non-self recognition system). V komplexní odpovědi genové exprese na přítomnost patogenního agens lze očekávat produkci proteinů, které jsou molekulárními faktory rozpoznávajícími self/non-self nebo výkonnými molekulami. Manosu-vázající lektin (MBL) je „pattern-recognition“ molekula, která má velkou roli v ochraně klíštěte před patogenními mikroorganismy, které proniknou do jeho těla. Pozornost bude soustředěna na techniky PCR, klonování, sekvenování, konformační analýzy, detekce profilu tkáňové experese genu v klíštěti, přípravu rekombinantního proteinu a specifických polyklonálních protilátek. Základní analytické experimenty budou provedeny na materiálech dostupných v laboratoři (klíš?ata, cDNA knihovny, atd.). ( Tereza Matějovská )

Genetická variabilita spirochét druhového komplexu Borrela burgdorferi sensu lato z jižích Čech

Zadání magisterské práce Pavly Szewieczkové navazuje bezprostředně na projekty řešené v Laboratoři molekulární ekologie parazitů PARÚ AVČR, vychází z dosavadních zkušeností získaných při vývoji a adaptaci technik molekulární biologie ke studiu mezidruhových a vnitrodruhových rozdílů u spirochét lymské boreliózy. Zadání práce sleduje výzkum a vývoj metod rychlé identifikace borelií, které umožní prokázat genetickou variabilitu druhového komplexu spirochéty. Metoda PCR-RFLP umožňuje rychlou analýzu intergenového mezerníku 5S (rrfA) – 23S (rrlB) a identifikaci kmenů/izolátů spirochét rodu Borrelia k příslušnému genospecies, neumožňuje však odhalit mnohem jemnější vnitrodruhové rozdíly v závislosti na odlišných ekologických, epidemiologických a klinických podmínkách. Bude vyvinuta metoda SSCP k analýze a mapování vysoce variabilního intergenového mezerníku rrfA-rrlB u borélií v klíš?atech z vybraných lokalit jižních Čech. ( Pavla Szewieczková )

Fagocytóza Gram - negativní bakterie Chryseobacterium indologenes hemocyty klíš?at

 Klíš?ata jsou významnými vektory původců lidských a zvířecích onemocnění tj. virů, bakterií a jiných patogenních organismů. V této práci byly použity dva zástupci klíš?at, Ixodes ricinus z čeledi Ixodidae a Ornithodoros moubata z čeledi Argasidae.Cílem této práce je pozorovat vliv bakterie Chryseobacterium indologenes (Gram - negativní tyčka) na klíš?ata I. ricinus a O. moubata. Pomocí fluorescenční mikroskopie je po nasátí bakterií C. indologenes sledována prostupnost střevní stěny pro bakterie, průnik do hemolymfy klíštěte, interakce bakterií s hemocyty a následná fagocytóza bakterií. Rovněž je sledována celková mortalita klíš?at v důsledku bakteriální infekce. Tato práce napomáhá pochopení procesů umožňujících přenos patogenů klíštětem  a reakci imunitního systému na jejich přítomnost. ( Veronika Burešová )

Monitorování aminokyselin u novorozenců

Novorozenci narození před 37. týdnem těhotenství jsou označováni jako nedonošení (nezralí). Incidence těchto novorozenců je kolem šesti procent, což představuje přibližně 5500 novorozenců ročně. Tito novorozenci se potýkají s celou řadou problémů, které souvisejí s jejich prematuritou. Prognoza těchto dětí je z hlediska mortality a morbidity nepřímo uměrná gestačnímu týdnu a porodní hmotnosti. Tyto děti vyžadují jen krátký pobyt v inkubátoru, ale jsou odkázáni na částečnou, popř. totální parenterální výživu, která zahrnuje přísun tekutin, sacharidů, tuků, minerálů ale také i aminokyselin. Kromě mateřského mléka jsou k dostání i speciálně vyvinuté formule a různým zastoupením aminokyselin, které normalizují jejich aminogramy. Cílem této práce je vypracování metody pro identifikaci a stanovení aminokyselin z plasmy a z moče novorozenců technikou LC-MS. Tato práce by měla také odhalit, jak se mezi sebou jednotliví novorozenci liší (různé diagnozy) a srovnat je s normálně narozenými novorozenci. Práce je prováděna v Laboratoři analytické biochemie ENTÚ AV ČR. ( Jana Kozubíková )

Kvantifikace exprese genů metabolismu 5- flourouracilu

Kvantifikace exprese genů metabolismu 5- flourouracilu jako predikce citlivosti k léčbě prekurzory 5-flourouracilu u pacientů s kolorektálním karcinomem. Kolorektální karcinom je 2. nejčastějším nádorovým onemocněním u obou pohlaví. Léčba se provádí chirurgickým odstraněním polypů při podpůrné chemoterapii prekurzory 5-flourouracilu (5-FU), jako je přípravek Xeloda. Prekurzor je na toxický 5-FU přeměněn  v buňce enzymem thymidilát phosphorylasa (TP). Protože TP je v nádorových buňkách exprimován až 15krát více než v ostatních buňkách, je zde Xeloda metabolizována přednostně. Toxicita 5-FU je dána jeho inhibičním účinkem na enzym thymidilát syntasa (TS), který hraje důležitou roli při replikaci a reparaci DNA. Dalším enzymem, který ovlivňuje citlivost léčby Xelodou je dihydropyrimidin dehydrogenasa (DPD), který přeměňuje 5-FU na nefunkční katabolity. Podle dosavadních výzkumů při některých hodnotách těchto enzymů je podání Xelody zbytečné a někdy dokonce nebezpečné, vedoucí až k úmrtí pacienta. Cílem této práce je stanovit referenční meze hodnot těchto enzymů v nádorové tkáni. K jejich určení používám relativní kvantifikaci pomocí Real Time PCR. ( Jana Němcová )

Interakce spirochéty Borrelia burgdorferi s fagocyt. buňkami a její ovlivnění klíštěcími slinami

Borrelia burgdorferi je spirochéta přenášená u nás klíštětem Ixodes ricinus. Může způsobovat závažné onemocnění - Lymskou boreliózu. Při sání klíštěte se borelie dostávají spolu se slinami klíštěte do tkání hostitele. Sliny klíš?at obsahují imunomodulační molekuly, které potlačují jak přirozenou, tak i adaptivní imunitu hostitele. Úkolem této magisterské práce je studium fagocytózy a degradace borelií ve fagocytech, měření produkce NO (oxidu dusnatého) a cytokinů těmito buňkami a především sledování vlivu extraktu ze slinných žláz (SGE) klíštěte Ixodes ricinus na všechny tyto děje. Výsledky mohou doplnit poznatky o mechanizmech, kterými klíště potlačuje přirozenou imunitu hostitele a napomáhá tak snazšímu rozvoji boreliové infekce. ( Kateřina Kýčková )

Vliv adipokinet. a juvenilního hormonu na energ. metabol. bavlníkového škůdce Dysdercus cingulatus

Studium energetického metabolismu a humorálních regulátorů účastnících se tohoto procesu, je již několik desítek let jednou z hlavních náplní práce vědeckých pracovníků po celém světě. Nemalý počet prací, stejně jako i ta má, testuje tyto mechanismy u hmyzu, hlavního nepřítele kulturních rostlin a plodin. U nelétavé ploštice Dysdercus cingulatus prověřuji, zda existuje určitá interakce mezi hormonem juvenilním JH a adipokinetickým hormonem AKH. Neurohormon AKH je hlavním „mobilizátorem“ energetických zásob z tukového tělesa v energeticky náročných, tzv. stresových stavech, jako je např. tvorba, zrání a kladení vajiček. Je otázkou, zda v tomto důležitém období samice, kdy JH indukuje tvorbu proteinů vajíčku vlastních, dochází k přímému vlivu i na funkci AKH. Podnětem k testování interakce s JH poskytly práce zaměřené na ploštici ruměnici pospolnou, Pyrrhocoris apterus, kterou známe z našich parků a lipových alejí. Tento létavý druh ploštice se vyskytuje ve formě brachypterní a makropterní, které se výrazně liší citlivostí na AKH. Důvodem může být právě přítomnost JH u formy brachypterní reprodukční. U druhé formy se JH vyskytuje jen v malém množství či vůbec. Proto hlavním cílem mé práce je prověřit tuto hypotézu u D. cingulatus a otestovat účinek JH analogu (methoprenu) u ligaturovaných samic na adipokinetickou odpověď a obsah AKH v CNS a hemolymfě. ( Markéta Patočková )

Imunolokalizace lektinu spirochét Borrelia burgdorferi sensu lato

Lektiny jsou bílkoviny, které se uplatňují v počáteční fázi infekce a umožňují patogenním bakteriím navázat se na  napadenou buňku a případně narušit její membránu a dovolit tak bakterii proniknout do buňky. Charakteristickou vlastností lektinů je schopnost aglutinovat červené krvinky. U bakterie Borrelia burgdorferi (kmen B31), původce lymské boreliózy, byla pozorována hemaglutinační aktivita a později byl nalezen gen kódující lektin. Produkt tohoto genu byl exprimován jako rekombinantní protein. Získaný rekombinantní protein byl použit k přípravĕ protilátek. Protilátky slouží k ovĕření přítomnosti lektinu v lyzátu borelií a k jeho imunolokalizaci v buňce borelie.   ( Jana Horáčková )

Kvant. stanovení spirochét Borrelia burgdorferi sensu lato v biolog. materiálu met. mol. biologie

Borrelie jsou Gram negativní mikroaerofilní bakterie patřící do čeledi Spirochaetaceae. Tři genospecies komplexu Borrelia burgdorferi sensu lato jsou zodpovědné za symptomy Lymské borreliózy a jsou přenášeny klíš?aty z čeledi Ixodidae. Kvůli dlouhodobému kontaktu klíštěte s hostitelem si klíš?ata vyvinula mechanismy působící proti imunitní odpovědi hostitele. Klíštěcí sliny obsahují řadu imunomodulačních molekul, jejichž vlastnosti vedou (mimo jiné) k inhibici zabíjení patogena hostitelem a k usnadnění jeho přenosu (SAT – Saliva Activated Transmission). Tato magisterská práce využívá kvantitativní metody real-time PCR ke zjištění, zda extrakt ze slinných žláz klíštěte Ixodes ricinus má vliv na přenos a množení Borrelia burgdorferi sensu lato v myších tkáních. ( Martina Macháčková )