Zabýváme se společenstvy vodního hmyzu se zaměřením především na zástupce řádů jepic (Ephemeroptera), pošvatek (Plecoptera) a chrostíků (Trichoptera). Studujeme taxonomii a fylogenezi jednotlivých druhů, jejich rozšíření, ekologické nároky a životní cykly. Pro studium fylogenetických vztahů používáme metody morfologické i molekulární taxonomie. Změny ve složení společenstev vodního hmyzu citlivě odrážejí změny ve stavu vodních toků, proto se podílíme rovněž na dlouhodobém monitoringu výskytu vodního hmyzu v České republice.
Hlavním cílem projektu je zjistit současný stav zatím velmi málo známé druhové diverzity modelové skupiny vodního hmyzu (řád Ephemeroptera) ve vybraných oblastech Pontomediteránní a Pontokaspické oblasti a získat nové poznatky i pokud jde o ekologické nároky larev, životní cykly a roli jednotlivých druhů ve sladkovodních ekosystémech. Kromě popisu dalších nových taxonů, je poznání druhové diverzity v této oblasti nesporně velmi užitečné pro ujasněni představ o historickém vývoji evropských sladkovodních ekosystémů. Nalezený materiál je analyzován jak z hlediska chorologického (k objasnění původu jednotlivých faunistických elementů a disperzních cest) tak i molekulárně taxonomickými metodami (sekvenace mtDNA) k testování vědecké fylogeografické hypotézy orychlé postglaciální radiaci v tomto pro celou západopalearktickou oblast velmi významném faunistickém centru.
