Předmětem hlavní činnosti Entomologického ústavu (ENTÚ) je vědecký výzkum v oblastech obecné a aplikované entomologie, orientovaný i na využití poznatků v ochraně přírody a životního prostředí, v zemědělství, lesnictví a lékařství. Ústav přispívá ke zvyšování úrovně poznání a vzdělanosti a využití výsledků vědeckého výzkumu v praxi.
ENTÚ provádí základní výzkum v těch oblastech biologie, kde hmyz slouží jako vhodný model k řešení obecných otázek vývoje, dědičnosti, fyziologie, chování, dynamiky populací, vztahů mezi hmyzem a prostředím, mezidruhových vztahů a evoluce nebo je cílovým organismem (v zemědělství, lesnictví, ochraně přírody). ENTÚ chce významně přispívat k rozvoji znalostí v těchto oblastech na nejvyšší úrovni, přičemž hlavním kritériem je srovnání kvality publikačních výstupů s vědeckými institucemi v rozvinutých státech světa. V České republice má ENTÚ ve výzkumu problematiky hmyzu nezastupitelnou úlohu. Vedle výzkumu je další prioritou ENTÚ výchova vysokoškolských studentů na všech úrovních. Zprostředkování výsledků výzkumu veřejnosti formou konferencí a popularizačních aktivit je důležitou stránkou práce ENTÚ.
Tematická pestrost je spolu s odbornou úrovní pracovníků důležitou předností ENTÚ. Hlavní oblasti výzkumu zahrnují (ale nejsou omezeny na) následující témata: regulace genové exprese a diferenciace, strukturně-funkční organizace chromosomů, telomery, pohlavní chromosomy, regulace vývoje a metabolismu, růstové faktory, funkce neurohumorálního systému, molekulární mechanismy denní rytmicity chování a fyziologických funkcí, mechanismy adaptace hmyzu na sezónní a dlouhodobé změny klimatu, dynamika hmyzích populací, evoluční a populační genetika, úloha hmyzu v potravních sítích člověkem ovlivněných ekosystémů, struktura hmyzích společenstev v přirozených ekosystémech, evoluce ekologických interakcí, fylogeneze hmyzu, srovnávací morfologie a taxonomie.
Základními jednotkami ENTÚ jsou oddělení skládající se z jednotlivých laboratoří vedených pracovníky, kteří sestavují badatelský tým, dávají mu výzkumný program a finančně zajišťují výzkum z grantových prostředků. Spolupráce se zahraničními partnery je zásadní strategií výzkumu na ENTÚ. Spolupráce s vysokými školami, zejména s Přírodovědeckou fakultou Jihočeské univerzity, je nanejvýš žádoucí pro budoucí rozvoj ENTÚ. Výchova doktorandů je zároveň významná pro experimentální práci a pro získávání budoucích zaměstnanců. ENTÚ proto podporuje jak studenty pracující na ústavu, tak jejich školitele z řad zaměstnanců.
ENTÚ vydává časopis European Journal of Entomology, který se řadí mezi nejlepší entomologické časopisy v Evropě. ENTÚ pořádá vědecké konference a zve odborníky na pravidelné ústavní semináře. Kromě toho, že ENTÚ pořádá jednou ročně “Den otevřených dveří”, řada vědeckých pracovníků popularizuje vědu psaním článků do novin a časopisů, prací pro film, televizi a pro tiskový odbor AV ČR.
